特區政府表示，前終審法院非常任法官何熙怡對《香港國安法》及有關香港法治和獨立司法權的言論與事實不符，尤其她說的所謂「國安法已凌駕《基本法》」這點絕不正確，有違事實。
何熙怡2018年獲委任為終審法院非常任法官，但從未參予任何案件的審理。2021年6月，她向司法機構表示因私人原因於任期屆滿後不續任，這與她現時的說法有差異。
特區政府指，任何指稱《香港國安法》凌駕於《基本法》之上的言論均屬錯誤。《香港國安法》第一條開宗明義指出，全國人大常委會是根據《憲法》、《基本法》和《全國人民代表大會關於建立健全香港特別行政區維護國家安全的法律制度和執行機制的決定》制定。
《香港國安法》2020年6月30日在香港特區公布實施，填補香港維護國家安全法律制度和執行機制的短板漏洞。《香港國安法》與其他香港特區維護國家安全的法律均堅持法治原則，同時依法保護《基本法》規定的權利和自由。
香港特區司法制度受《基本法》保障。《基本法》第二條、第19條、第85條訂明，香港特區享有獨立司法權和終審權，法院獨立進行審判，不受任何干涉。所有法官和司法人員緊守司法誓言，以無懼、無偏、無私、無欺之精神，嚴格根據法律原則，維持司法公義。法官處理危害國家安全犯罪案件時，一如其他案件，都是獨立公正地履行司法職責，不受任何干涉。五年來實踐證明，法院嚴格按照上述原則處理涉及《香港國安法》的案件。
全國人大常委會解釋《基本法》及在香港特區實行全國性法律的權力，是「一國兩制」原則下重要一環，並早已在香港特區的法理中確立。作為全國性法律，《香港國安法》第65條規定，該法的一般解釋權屬全國人大常委會，完全符合「一國兩制」原則。
全國人大常委會2022年12月就《香港國安法》第14條和47條作出的解釋，並不也沒有直接處理具體司法程序或案件，而是釐清有關法律規定的含義和適用法律的依據，絕不存在損害香港法院受《基本法》保障的獨立審判權和終審權。有關的具體案件和爭議，最終交由香港特區自行解決。
特區政府表示，長期以來，包括在《香港國安法》制定後，具聲望的海外法官願意出任或續任香港特區終審法院非常任法官，參與終審法院審判，為本港國際化法律環境和香港普通法的法理發展作出貢獻。終審法院目前有六名分別來自英國、澳洲和新西蘭的非常任法官。
