死因裁判法庭完成宣讀2012年南丫島附近撞船事故罹難者死因裁決。政府表示尊重死因庭裁決，並會仔細研究和認真跟進判辭，同時向死者家屬致以最深切慰問。針對死因裁判官給予海事處的建議，海事處會認真研究跟進。
死因裁判官共提出四項建議，其一，與船廠、海上運輸服務營運商及相關專業團體定期接觸，或透過發出簡易指引或澄清，以確保他們了解相關規例的實施方法。海事處回應指，該處已實施本地安全管理系統，以主動風險管理的方針，加強與業界就海上安全相關事宜上的溝通。
其二，實施新制度，要求船東在定期驗船前確認船隻在上次驗船後沒有被改裝。海事處表示，正積極籌備在目前驗船制度下，要求船東在驗船前確定船舶沒有作未獲允許的改裝。
其三，繼續檢視海員的工時和休息安排，尤其專注於查找日常運作上的疲勞風險，並諮詢主要渡輪服務營運商，以及利用本地船隻諮詢委員會的平台作相關討論。政府表示，會檢視本地船隻海員的工作環境和情況，並會充分諮詢持份者的意見。
其四，向業界發放死因裁判官給予財利船廠的建議。海事處會就此與其他船廠聯繫。
另外，事故發生以來，政府根據《調查委員會條例》成立事故調查委員會，另由前運輸及房屋局領導進行內部調查，以及接納各項調查的專家報告。政府一直督促海事處努力跟進調查委員會和專家提出的建議，且採取系統性方針，全面落實五大類措施，以加強保障海上安全，避免類似事故發生。
至於涉事海事處職員的責任，前運輸及房屋局2014年4月把內部調查報告轉交公務員事務局，而公務員事務局已按該報告的建議和律政司的法律意見，根據紀律程序採取行動並完成跟進。此外，兩名涉事海事處職員刑事罪名成立，被判入獄。
